Los componentes que incluye la estructura de un árbol filogenético son; las puntas o nodos terminales que son los organismos de interés que se pretende estudiar (pueden ser individuos de una misma especie o de un distinto nivel jerárquico), los nodos internos que representan los ancestros comunes que comparten dos o más taxones, las ramas, las cuales unen a los nodos internos y por último la raíz, la cual es el nodo más interno, siendo este el ancestro común que comparten todos los taxones. Cuando dos taxones comparten un ancestro común que no es compartido con nadie más se les denomina taxones hermanos. El " outgroup " , el cual es un taxón más lejanamente emparentado a nuestros taxones de interés, sirve para enraizar el árbol, es decir, donde se encuentra la primera ramificación.